Jenis-jenis fauna yang mendominasi kawasan TWA Angke Kapuk, umumnya adalah jenis-jenis burung merandai dan hampir seluruhnya merupakan satwa yang dilindungi. Beberapa jenis diantaranya adalah:
· Belekok / Javan Pond Heron (Ardeola speciosa)
· Belibis / Wandering Whistling Duck (Dendrocygna arcuate)
· Cangak Abu / Grey Heron (Ardea cinerea)
· Cekakak Sungai / Collared Kingfisher (Todirhamphus chloris)
· Elang Laut Perut Putih / White-Bellied Sea Eagle (Haliaeetus leucogaster)
· Elang Tiram / Osprey (Pandion haliaetus)
· Gagang Bayam Timur / Pied Stilt (Himantopus leucocephalus)
· Itik Benjut / Sunda Teal (Anas Gibberifrons)
· Kokokan Laut / Little Heron (Butorides striatus)
· Kowak Malam Abu / Black-Crowned Night Heron (Nycticorax nycticorax)
· Kuntul Kerbau / Cattle Egret (Bulbucus ibis)
· Kuntul Putih / Little Egret (Egretta sp.)
· Pecuk Ular Asia / Oriental Darter (Anhinga melanogaster)
· Raja Udang Biru / Small Blue Kingisher (Alcedo coerulescens)
· Tangkar Centrong alias Murai Irian / Racket-tailed Treepie (Crypsirina temia)
Selain itu terdapat pula bererapa jenis satwa lainnya diantaranya Biawak Air (Varanus Salvator), ikan Gelodok/Gelosoh (Glossogobius Giuris) dan Udang Bakau (Thalassina Anomala).
Jenis-jenis mangrove yang terdapat dalam kawasan diantaranya :
· Api-api (Avicennia marina)
· Bakau (Rhizophora mucronata dan Rhizophora stylosa)
· Bidara (Sonneratia caseolaris)
· Buta-buta (Exocecaris agallocha)
· Cantinggi (Ceriops sp.)
· Warakas (Acrosticum areum)
Dan jenis hutan pantai/rawa, antara lain:
· Bluntas (Pluchea indica)
· Dadap (Erythrina variagate)
· Duri Busyetan (Mimosa sp.)
· Flamboyan (Delonix regia)
· Kedondong Laut (Polysia frutucosa)
· Ki Hujan (Samanea saman)
· Ki Tower (Deris heterophyla)
· Mendongan (Scripus litoralis)
· Waru Laut (Hibiscus tilliaceus)